جعفر بن محمد بن اشعث شیعه بود و قایل به امامت موسی (ع) و یحیی این معنی را به هارون اعلام می داشت. سرانجام یحیی پسر برادر امام را به نام علی بن اسماعیل بن جعفر از مدینه خواست تا به وسیله او از امام و جعفر نزد هارون بدگویی كند. گویند امام هنگام حركت علی بن اسماعیل از مدینه او را احضار كرد و از او خواست كه از این سفر منصرف شود. و اگر ناچار می خواهد برود از او سعایت نكند. علی قبول نكرد و نزد یحیی رفت و بوسیله او پیش هارون بار یافت و گفت از شرق و غرب ممالك اسلامی مال به او می دهند تا آنجا كه ملكی را توانست به هزار دینار بخرد. هارون در آن سال به حج رفت و در مدینه امام و جمعی از اشراف به استقبال او رفتند. اما هارون در قبر حضرت رسول (ص) گفت یا رسول الله از تو پوزش می خواهم كه می خواهم موسی بن جعفر را به زندان افكنم زیرا او می خواهد امت ترا برهم زند و خونشان بریزد. آنگاه دستور داد تا امام را از مسجد بیرون بردند و او را پوشیده به بصره نزدوالی آن عیسی بن جعفربن منصور بردند.

عیسی پس از مدتی نامه ای به هارون نوشت وگفت كه موسی بن جعفر در زندان جز عبادت ونماز كاری ندارد یا كسی بفرست كه او را تحویل بگیرد یا من او را آزاد خواهم كرد. هارون امام را به بغداد آورد و به فضل بن ربیع سپرد و پس از مدتی از او خواست كه امام را آزاری برساند اما فضل نپذیرفت و هارون او را به فضل بن یحیی بن خالد برمكی سپرد. چون امام در خانه فضل نیز به نماز و روزه و قرائت قرآن اشتغال داشت فضل بر او تنگ نگرفت و هارون از شنیدن این خبر در خشم شد و آخر الامر یحیی امام را به سندی بن شاهك سپرد و سندی آن حضرت را در زندان مسموم كرد و چون آن حضرت از سم وفات یافت سندی جسد آن حضرت را به فقها و اعیان بغداد نشان داد كه ببیند در بدن او اثر زخم یا خفگی نیست. بعد او را در باب التبن در موضعی به نام مقابر قریش دفن كردند. تاریخ وفات آن حضرت را جمعه هفتم صفر یا پنجم یا بیست و پنجم رجب سال 183 ق در 55 سالگی گفته اند.